1978年至今，高能所共获奖200余项，其中国家自然科学奖二等奖和科技进步奖二等奖以上共21项。

　　国家最高科学技术奖1项 

　　谢家麟获2011年度国家最高科学技术奖

　　国家科技进步特等奖2项 

　　◇ 北京正负电子对撞机（1990年）

　　◇ “绕月探测工程”任务（2010年，主要完成单位，排名第30）

　　国家科技进步一等奖3项 

　　◇ 北京质子直线加速器（1991年）

　　◇ 上海光源国家重大科学工程（2013年度，重大工程类，排名第2）

　　◇ 北京正负电子对撞机重大改造工程（2016年）

　　国家自然科学一等奖2项 

　　◇ 反西格玛负超子的发现（1982年）

　　◇ 大亚湾反应堆中微子实验发现的中微子振荡新模式（2016年）

　　国家科技进步二等奖5项 

　　◇ 中国科学院万立方米级高空科学气球技术系统（1985年）

　　◇ 北京自由电子激光装置（1995年）

　　◇ 若干计算机网络安全关键技术研究及产品开发（2000年）

　　◇ 阿尔法磁谱仪（AMS）永磁体系统（2000年）

　　◇ 宽波段空间伽马射线暴观测研究及仪器研制（2004年）

　　国家自然科学二等奖7项 

　　◇ 层子模型（1982年）

　　◇ 北京谱仪－τ轻子质量的精确测量（1995年）

　　◇ ψ（2S）衰变及次生粲夸克偶素物理的实验研究（2001年）

　　◇ 2－5Gev能区正负电子湮没产生强子反应截面（R值）的精确测量（2004年）

　　◇ BESII DD-bar 阈上粒子ψ(3770)非DD-bar衰变的发现和D物理研究（2010年）

　　◇ 纳米材料的安全性研究（2012年）

　　◇ BESII实验发现新粒子（2013年）

    ◇ 纳米材料蛋白冠的化学生物学特性及其机制（2018年，第二完成单位）

　　国家技术发明奖二等奖1项 

　　◇ 同步辐射软X射线多层膜反射率计装置及其应用 （2000年）